كان مشروع إنشاء جامعة السلطان قابوس وعدا من حضرة صاحب الجلالة السلطان قابوس بن سعيد المعظم لأبناء شعبه في الاحتفالات بالعيد الوطني العاشر 1980م. وبدأ ت اعمال بناء الجامعة في عام 1982 واستقبلت الجامعة الدفعة الأولى من طلابها عام1986م. وقد أصدر حضرة صاحب الجلالة السلطان قابوس بن سعيد المعظم مرسوما سلطانيا ساميا رقم 9/86 بإنشاء الجامعة وحدد هذا المرسوم بداية الدراسة في الجامعة في خمس كليات هي: كلية التربية وكلية الهندسة وكلية الطب والعلوم الصحية وكلية العلوم الزراعية والبحرية وكلية العلوم. وبعد ذلك